چند جواب دارد:
1)قرآن در مقام بيان همه چيز نيست بلكه بيانگر كليات و عناوين اصلي اسلام است.
 
2)نظر به اينكه حضرت علي عليه السام دشمنان پر كينه فراواني داشتند كه اگر نام ايشان در قرآن ذكر مي شد قرآن را تحريف ميكردند ونام علي را حذف مي نمودند و چون خدا خواسته كه قرآن تحريف نشود نام حضرت را در آن ذكر نكرده است. چراكه در مسيحيت و ديگر اديان تحريف ديده ميشود و حتي در روايات اسلامي هم تحريف ديده مي شود و راويان جعلي زياد هستند.
البته این به این معنا نیست که خداوند (نعوذبالله) ترسیده باشد (همانطور که بعضی گمان کرده اند) . بلکه این عین لطف است که بر خداوند لازم و ضروری بوده است. یعنی خداوند طبق حکمت مطلقه خود کاری را به فعلیت برساند که تمام مصالح و مفاسد در نظر گرفته شود.
(به کامنت این مطلب در آخر همین پست حتما رجوع کنید)
 
3)گرچه نام حضرت علي عليه السلام در قرآن نيامده ولي آيات متعددي (حدود200آيه)درشان ايشان نازل شده است .از جمله آيه ولايت و آيه تطهير و آيه اكمال و ديگر آيات...(مراجعه شود به كتب مربوط)
 
4)موضوع ولايت حضرت علي عليه السلام مورد آزمايش است و بايستي مردم به وسيله آن آزمايش شوند از جمله آياتي كه مؤيد اين مطلب است آيه سوره مباركه عنكبوت است كه مي فرمايد:« آيا مردم چنين پندارند كه با گفتن اينكه ما ايمان آورديم،رها شوند و مورد آزمايش قرار نگيرند » كه بنا به نقل علما و مفسرين عامه و خاصه،مقصود از آن ، ولايت علي عليه السلام است كه مورد آزمايش مسلمانان قرار گرفته است.
 
  بايد گفت كه نام حضرت علي عليه السلام به صورت كنايه در قرآن ذكر شده است و گويند:« الكناية ابلغ من التصريح لما فيها من تاكيد المبالغه و قوة التاثير بسبب الرمز والاشارة و اختلاف الاسلوب » يعني:كنايه گويي از صراحت گويي بليغ تر است . ازاين جهت كه در كنايه رمز و اشاره و روشهاي مختلف است لذا در آن مبالغه و تاثير بيشتري مي باشد.
(هزار و يك چرا؟/علي سالك)